Η ρύθμιση της διαφορικής προστασίας μετασχηματιστή απαιτεί συνυπολογισμό του λόγου μετασχηματισμού, της ομάδας συνδεσμολογίας και του ρεύματος διέγερσης κατά την ενεργοποίηση, ώστε να αποφεύγονται εσφαλμένες λειτουργίες λόγω παροδικών φαινομένων. Χρησιμοποιούνται καμπύλες αναστολής λόγω αρμονικών και κατάλληλη ρύθμιση ευαισθησίας, εξασφαλίζοντας ταχεία ανίχνευση πραγματικών εσωτερικών σφαλμάτων.