Το σύστημα ψύξης μετασχηματιστή απάγει τη θερμότητα που παράγεται στα τυλίγματα και τον πυρήνα μέσω κυκλοφορίας λαδιού και αέρα ή νερού, ανάλογα με τον τύπο ψύξης. Τακτικός έλεγχος περιλαμβάνει καθαριότητα ψυκτικών στοιχείων, λειτουργία ανεμιστήρων και αντλιών, καθώς και επιβεβαίωση ότι δεν υπάρχει απόφραξη ροής. Σωστή λειτουργία του συστήματος διασφαλίζει σταθερή θερμοκρασία λειτουργίας.